La refinación habitual de los aceites vegetales implica el desgomado y la refinación alcalina. El desgomado reduce principalmente el contenido de fosfatídos y metales del aceite crudo mediante su mezcla con ácido y agua. Los fosfátidos se encuentran en forma hidratable libre (HP) o en forma no hidratable (NHP), principalmente en combinación con algunos cationes como Ca2+, Mg2+ o Fe2+. En la refinación alcalina, se elimina aún más el NHP que queda en el aceite después del tratamiento con ácido, así como los ácidos grasos libres formados durante la hidrólisis (lipólisis) de los HP, mediante la neutralización.
El desgomado consiste en tratar el aceite con una pequeña cantidad (0,05 por ciento) de ácido fosfórico concentrado y agua, seguido de la separación centrífuga del material coagulado (lecitina). Este proceso se aplica a muchos aceites (por ejemplo, aceite de soja) que contienen cantidades significativas de fosfolípidos. La refinación con álcali elimina los ácidos grasos libres que se forman durante la lipólisis de la grasa o el aceite antes del renderizado o la extracción. El aceite se trata con un exceso de solución de sosa cáustica al 0,1 por ciento y la mezcla se calienta a unos 75°C para romper cualquier emulsión formada. La mezcla se deja reposar y los sedimentos, llamados "lodos", se recogen y se venden como "jabonosa". En el sistema continuo, la emulsión se separa con centrifugadoras. Después de que el aceite ha sido refinado, generalmente se lava con agua para eliminar rastros de álcali y jabonosa. Después del lavado con agua, el aceite puede ser secado mediante calentamiento al vacío o filtrado a través de un filtro seco y un material absorbente.
Se han desarrollado una variedad de procesos para mejorar la eliminación de los fosfatídos no hidratables. Los más conocidos son los procesos de unigomado y superdegomado (Unilever) y el proceso de degomado TOP (Vandemoortele). Se basan principalmente en un tratamiento ácido especial del NHP. En los últimos años, se han desarrollado varios enfoques tecnológicos nuevos que garantizan niveles muy bajos de fósforo (menos de 10 ppm).
En el proceso de desgomado enzimático, parte de los fosfatídos hidratables se modifica enzimáticamente mediante la eliminación del ácido graso en la posición C-2 del glicerol, utilizando una enzima fosfolipasa A2 como biocatalizador. Estos fosfatídos modificados facilitan la eliminación del NHP restante. En el proceso de desgomado suave, se agrega un agente quelante (EDTA) al aceite para eliminar los cationes de los fosfatídos no hidratables, haciéndolos nuevamente hidratables.
En el desgomado ácido mejorado (IMPAC De Smet), se mezclan aditivos especiales para mejorar la humectabilidad del NHP y, por lo tanto, su solubilidad en la fase acuosa. Además, se garantiza un contacto íntimo entre los productos de reacción (ácido/alcalino) y los fosfatídos para mejorar la hidratabilidad del NHP y, por lo tanto, la eficiencia de su eliminación. Sin embargo, en todos los procesos de desgomado, la eficiencia del tratamiento de desgomado depende en gran medida de la calidad del aceite crudo. Un aceite fresco de buena calidad es más fácil de desgomar que un aceite adulterado. Esto es una consecuencia directa de la relación NHP a HP: cuanto menor sea el contenido de NHP, más fácil será el procedimiento de desgomado y mejor será el rendimiento del aceite desgomado.